夫妻共同还公积金贷款的扣款方式主要取决于当地公积金管理中心的具体规定。以北京市为例，如果夫妻双方均符合提取条件，且选择共同还贷的方式，那么每月的还款将从夫妻双方的公积金账户中分别扣除。假设夫妻A和B均为北京公积金贷款的借款人，A每月收入较低，但公积金余额充足；而B收入较高，但公积金余额较少。在这种情况下，夫妻双方可以协商决定，每月由A的公积金账户优先扣款，剩余部分由B的银行账户补足。

具体操作流程如下：夫妻双方需向所在单位申请开通“夫妻共同还贷”功能，并提供结婚证、身份证等相关证明材料。夫妻双方需与贷款银行签订《夫妻共同还贷协议》，明确各自承担的还款比例及金额。由公积金中心审核通过后，每月自动从夫妻双方的公积金账户中分别扣取相应金额用于偿还贷款。

以A和B为例，若A每月公积金账户余额为5000元，B为10000元，月供总额为15000元，则根据协议，A需承担7500元，即每月从其公积金账户中扣除5000元，剩余2500元由B的银行账户补足。反之，若B的公积金账户余额足够支付全部月供，则A无需从公积金账户中扣款，仅需确保B的账户余额充足即可。

需要注意的是，公积金贷款的利率会根据贷款期限的不同而有所差异。通常情况下，贷款期限越长，贷款利率越高；反之亦然。例如，夫妻C和D在2016年1月申请了一笔为期10年的公积金贷款，月供为5000元，贷款利率为3.25%。而夫妻E和F则在2019年1月申请了同样额度的贷款，但由于贷款期限为20年，因此贷款利率提高至3.575%。在选择贷款期限时，夫妻双方应充分考虑自身经济状况，权衡利弊后再做决定。

夫妻共同还贷的扣款方式还受到贷款银行的规定限制。如某银行要求夫妻双方必须在同一城市工作并缴纳公积金，且至少有一方的公积金账户余额超过月供的一半。在申请共同还贷前，夫妻双方应详细了解贷款银行的具体要求，以免因不符合条件而影响贷款的正常发放。

夫妻共同还公积金贷款的扣款方式需根据个人实际情况灵活调整，建议夫妻双方在申请前详细咨询公积金管理中心和贷款银行的相关政策，以便更好地规划财务支出，减轻还贷压力。