公积金贷款夫妻共同还款的扣款方式通常依据双方的还款意愿和银行的具体规定。以王先生和李女士为例，王先生为公积金贷款主借款人，而李女士作为共同还款人，两人共同承担月供责任。根据实际情况，夫妻双方可以协商确定扣款顺序和比例。假设王先生和李女士在某银行申请了一笔100万元的公积金贷款，贷款期限为10年。

在实际操作中，银行可能会按照以下几种方式之一进行扣款：首先从主借款人账户中扣除，不足部分由共同还款人账户补足；或者直接从共同还款人账户中扣除，剩余部分再从主借款人账户扣除。具体到王先生和李女士的情况，若每月应还金额为9000元，且王先生账户中有6000元，则银行将从王先生账户中扣除6000元，剩余3000元则会从李女士账户中扣除。反之，若王先生账户余额充足，则直接从其账户中扣除全部应还金额，无需动用李女士账户资金。

需要注意的是，公积金贷款的利率通常低于商业贷款，且随着贷款期限缩短，利率也会相应降低。例如，王先生和李女士的公积金贷款利率为3.25%，若贷款期限延长至20年，利率将调整为3.5%。这意味着，若他们选择将贷款期限缩短至10年，不仅可以减少总利息支出，还能更快地还清贷款本金。以100万元贷款为例，若贷款期限为10年，10年后总利息约为14.7万元；若贷款期限为20年，则10年后总利息约为23.5万元。由此可见，缩短贷款期限对节省利息支出具有重要意义。

公积金贷款的共同还款人也享有相应的权益。根据《住房公积金管理条例》，共同还款人同样有权享受贷款额度上限、贷款年限限制等优惠政策。夫妻双方在申请公积金贷款时，应充分考虑共同还款人的权益，合理安排还款计划，确保双方财务状况稳定。例如，在王先生和李女士的案例中，若李女士收入较低，可以选择在还款初期让王先生承担大部分还款责任，随着家庭经济状况改善，逐渐增加李女士的还款比例，从而实现财务压力的合理分配。

公积金贷款夫妻共同还款的扣款方式需根据双方实际情况灵活调整，以达到最佳的财务效果。合理规划贷款期限和还款比例，既能减轻财务负担，又能充分利用优惠政策，实现长期利益最大化。