公积金贷款后，公积金账户中的钱是否会被自动扣除，答案是不一定。这取决于当地住房公积金管理中心的具体规定以及贷款合同的条款约定。以北京市为例，借款人通常不会直接从个人公积金账户中扣款，而是通过银行按月从借款人提供的还款账户中扣除。但如果借款人未按时偿还贷款，或因其他原因导致贷款逾期，公积金中心可能会从借款人的公积金账户中扣款用于偿还贷款。

假设某职工A在北京工作并使用公积金贷款购买了一套住房，贷款金额为100万元，贷款期限为10年，即120个月，利率为3.5%，采用等额本息方式还款。根据计算，每月需还本金和利息共计10974.43元。A在首次还款时，选择了从其工资卡中自动扣款，但不幸的是，由于某些原因，他在第三个月未能按时还款。北京住房公积金管理中心将从他的公积金账户中扣除相应金额用于偿还贷款。

如果借款人希望避免这种情况发生，可以采取以下措施：

1. 了解政策：借款人应详细了解自己所在城市住房公积金管理中心的相关政策。不同地区对于公积金贷款后的资金管理方式可能有所不同。以北京为例，借款人可以登录北京住房公积金管理中心官网查询相关政策信息，或直接咨询当地管理中心获取详细资料。

2. 提前规划：合理规划个人财务，确保有足够的资金按时还款。如果借款人担心自己的收入不稳定，可以考虑增加储蓄或者寻求其他融资渠道来应对可能出现的资金短缺情况。

3. 设置提醒：利用手机银行、支付宝或其他财务管理软件设置还款提醒，确保自己能够及时发现并处理可能出现的问题。

4. 沟通协商：如果确实遇到困难，应及时与贷款机构沟通，说明情况，看是否有可能调整还款计划或者延期还款。虽然这可能会影响个人信用记录，但在特殊情况下，适当的沟通往往能带来积极的结果。

5. 关注账户变动：定期检查自己的公积金账户余额及状态，确保没有异常情况发生。一旦发现问题，立即联系相关部门解决。

公积金贷款后的资金管理是一个复杂的过程，需要借款人具备一定的金融知识和风险意识。通过上述措施，可以有效降低因资金不足而影响贷款偿还的风险。